Fakultas Kedokteran Universitas Methodist Indonesia (FK UMI) adalah bagian dari Universitas Methodist Indonesia (UMI). UMI berdiri pada tanggal 28 Juli 1987 yang sebelumnya bernama Perguruan Tinggi Methodist Indonesia (PTMI). Seiring dengan perubahan organisasi maka PTMI berubah nama menjadi UMI pada tanggal 4 September 1969.

FK UMI sendiri berdiri pada pada tanggal 4 September 1969 saat memperoleh status terdaftar melalui SK Menteri Pendidikan dan Kebudayaan NO.156/ a/ DPT/ I/ 1969. FK UMI juga telah mendapatkan status terakreditasi dengan peringkat : Akreditasi “C” oleh Departemen Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia, Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN – PT) No: 005/ BAN – PT/ Ak-V/ S1/ IV/ 2002 tanggal 15 April 2002.

Selanjutnya Re-Akreditasi oleh BAN-PT No.032/BAN- PT/AK-XI/S1/XII/2008 tgl 5 Desember 2008 yang berlaku sampai dengan 5 Desember 2012. Kemudian melalui Keputusan BAN-PT No. 486/SK/BAN-PT/ Akred/PD/XII/2014, Program Studi Sarjana Kedokteran FK UMI dinyatakan terakreditasi dengan peringkat Akreditasi C dan Program Studi Profesi Dokter FK UMI, juga dinyatakan terakreditasi dengan peringkat Akreditasi C.

Pada tahun 2019 FK UMI melalui LAMPTKes, Program Studi Sarjana Kedokteran (LAM-PTKes 0003289) dan Profesi Dokter (LAM-PTKes 0003290) FK UMI juga dinyatakan terakreditasi dengan peringkat Akreditasi B Baik /Good . Sertifikat akreditasi berlaku sampai dengan tanggal 28 September 2024.